Badan Kepegawaian Daerah Provinsi Papua berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Papua Nomor 13 Tahun 2013 mempunyai Tugas pokok menyelenggarakan kegiatan administrasi, program, pengembangan,mutasi dan penatausahaan aparatur Daerah dan tugas-tugas lain yang diberikan oleh Gubernur, sedangkan Fungsi Badan Kepegawaian Daerah adalah :

1. Penyelenggaraan administrasi kepegawaian, pengembangan, mutasi dan penatausahaan aparatur;
2. Penyiapan bahan perumusan penghimpunan peraturan perundang-undangan kepegawaian dan petunjuk teknis pembinaan pegawai;
3. Penyiapan bahan perumusan dan petunjuk teknis pengembangan pegawai;
4. Pelaksanaan analisis kebutuhan kepegawaian, pengembangan dan mutasi;
5. Penyusunan rencana/program kepegawaian, pengembangan dan mutasi;
6. Pembinaan dan petunjuk teknis pelaksanaan tugas mutasi dan kesejahteraan pegawai; dan
7. Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Gubernur sesuai dengan tugas dan fungsinya.